Der vermutlich 1500 in Sevilla geborene spanische Komponist gilt als Meister des A Capella-Stils.
Wahrscheinlich war er 1535-1545 in Rom päpstlicher Tenorist. Er verfasste 21 Messen, 91 Motetten und 11 Hymnen. Morales starb 1553 in Malaga, wo er seit zwei Jahren Kapellmeister war.